Станция и вокзал открыты в 1978 году.

В 2005 году вокзал был реконструирован.

В июле 2014 года[7] в рамках проекта «Умный вокзал» на вокзале Анапа окончены пусконаладочные работы интеллектуальной энергоэффективной системы светодиодного освещения.

С 2014 года станция Анапа используется в летнее время в качестве одного из двух пересадочных узлов на маршрутах в Крым, перевозки по которым осуществляются по единому билету «поезд — автобус»[8]

На вокзале действует небольшая оранжерея с экзотическими растениями, имеющая форму пирамиды. Для поступления в оранжерею солнечного света, в крыше проделано прямоугольное отверстие площадью в 19,5 м2.

В 2019 году станция электрифицирована. В связи со срывами сроков подключения оборудования тяговых подстанций были сорваны и сроки перевода поездов дальнего следования на электротягу. С 30 декабря 2019 года начал курсировать два раза в день электропоезд «Ласточка» по маршруту Краснодар — Анапа. Стоимость билета от 350 руб. Время в пути — около 2 часов 45 минут[9], перевод всех пассажирских поездов на электротягу состоялся 23 января 2020 года.

С 7 марта 2020 года запущено пригородное сообщение между Анапой и Керчью. Между городами курсируют два рельсовых автобуса РА2[10]. Стоимость билета 439 руб. время в пути — 2 часа. Билеты можно приобрести в кассе вокзала, а также у кондукторов в поезде или на сайте перевозчика ЮППК.

С 1 августа 2020 года запущено движение между Анапой и Большим Сочи[11] через Краснодар на комфортабельных электропоездах Ласточка.

С вокзала также можно уехать в Крым и это здорово

Билет на электричку Анапа – Керчь стоит 461 рубль. Приобрести его можно онлайн через интернет на сайте компании-перевозчика ug-ppk.ru и в терминалах на железнодорожном вокзале. В кассах Анапы билеты на электричку не продают. Купить билет можно и непосредственно в вагоне у контролера, доплатив при этом к стоимости сервисный сбор.

На один билет допускается провезти без дополнительной платы ручную кладь – не более 36 кг, габаритами не более 1,8 м (по сумме трех измерений). За багаж выше нормы придется заплатить 226 руб., провоз велосипеда обойдется в 60 рублей. Допускается провоз питомцев. Место в билете не обозначено, его можно использовать в течение дня, на который он приобретен, на любом рейсе.

По маршруту Анапа – Керчь – Анапа курсируют два автопоезда, их техническое наименование – РА2. Состоит из трех вагонов – два головных, один промежуточный (прицепной), предназначен для пассажирских перевозок – как пригородных, так и региональных. Общая вместимость – 280 пассажиров. Поезда вполне современные, с комфортными салонами, обеспечены системами вентиляции и отопления, санитарными кабинами. В каждом вагоне размещены удобные табло с подробной информацией (дата, день недели, время, какая следующая станция), необходимой и полезной пассажирам. Электричка способна развивать скорость до 120 км/час, отправляется с железнодорожного вокзала Анапа.